Kesihatan Emily mula merosot pada tahun 1836. Pada bulan Jun tahun itu, beliau pergi untuk memulihkan diri di Poplar Grove (kemudian dinamakan Tulip Grove), ladangnya bersebelahan dengan Hermitage. Kesihatannya terus menurun, dan beliau meninggal dunia pada Disember pada usia 29 tahun, mungkin tuberkulosisnya,[3] menjadikannya Wanita Pertama yang paling singkat hayatnya dalam sejarah Amerika. Beliau mati meilhat ke luar tingkap menunggu suaminya pulang ke rumah.[4]